В работе рассматриваются вопросы применения нейронных сетей для определения сайта начала транскрипции в задачах аннотации геномов. Среди множества методов, используемых для аннотации геномов, особое внимание привлекают подходы, основанные на машинном обучении, особенно на глубоких нейронных сетях. Эти методы позволяют обрабатывать большие объемы данных и выявлять сложные паттерны, которые могут быть не очевидны при использовании традиционных алгоритмов. Сверточные нейронные сети используются для определения функциональной роли коротких геномных последовательностей. Эти подходы основаны на сборе больших наборов последовательностей с известной функциональной ролью, извлечении этих последовательностей из аннотаций всего генома. В статье проводится разработка сверточной нейронной сети для прогнозирования сайтов начала транскрипции, а также приводятся результаты экспериментальных исследований и даются выводы о качестве обучения.