Генетическое разнообразие вируса эпидемического паротита в Российской Федерации

Актуальность. Одним из компонентов эпидемиологического надзора за корью, краснухой и эпидемическим паротитом является вирусологический мониторинг циркуляции возбудителей этих инфекций. Если в рамках реализации Программы элиминации кори и краснухи единые методы мониторинга циркуляции вирусов кори и краснухи и интерпретации полученных данных рекомендованы ВОЗ и применяются во всем мире, то в отношении вируса эпидемического паротита такой практики нет. Настоящая работа посвящена изучению генетического разнообразия вируса эпидемического паротита в России с применением ранее апробированных авторами методов молекулярно-эпидемиологических исследований. Цель. Изучить генетическое разнообразие вируса эпидемического паротита в России в 2022-2023 гг. Материалы и методы. Образцы биологического материала от 25 больных с диагнозом «Эпидемический паротит» были получены с территорий страны с высокой и низкой заболеваемостью паротитом в 2022-2023 гг. Проведена экстракция вирусной РНК, ОТ-ПЦР, секвенирование по Сэнгеру, биоинформатический анализ данных. Выделенные нуклеотидные последовательности депонированы в базы данных GenBank. Результаты. По результатам исследования установлено, что в России в 2022-2023 гг. циркулировали вирусы эпидемического паротита генотипа G. Выявлена трансмиссия двух генетических групп - G1 и G2. Геногруппа G1 относится к генетической линии MuVi/Sheffield.GBR/1.05, геногруппа G2 - MuVi/Gloucester.GBR/32.96. Для каждой генетической группы определен ареал циркуляции. Заключение. Несмотря на то, что обе геногруппы были представлены преимущественно вирусами, выделенными в России, отсутствие значимой корреляции между матрицами расстояний не позволяет сделать заключение об эндемичной трансмиссии геногрупп G1 и G2 в стране на основании имеющихся молекулярных данных. В рамках реализации Национальной программы «Элиминация кори и краснухи, достижение устойчивой спорадической заболеваемости эпидемическим паротитом» изучение циркулирующих генотипов вируса ЭП является актуальным и будет продолжено.

Relevance. In the establishment of a unified epidemiological surveillance system for measles, rubella, and mumps, virological monitoring of the circulation of these pathogens is essential. While standardized methods for monitoring the circulation of measles and rubella viruses and interpreting the obtained data are recommended by the WHO and applied globally, no such practice exists for the mumps virus. This study focuses on examining the genetic diversity of the mumps virus in Russia using molecular epidemiological methods previously validated by the authors. Aim. To investigate the genetic diversity of the mumps virus in Russia in 2022-2023. Materials and methods. Biological material samples from 25 patients diagnosed with "Mumps" were obtained from regions with high and low mumps incidence in 2022-2023. Viral RNA extraction, RT-PCR, Sanger sequencing, and bioinformatic data analysis were conducted. The identified nucleotide sequences were deposited in the GenBank database. Results. The study found that mumps viruses of genotype G circulated in Russia in 2022-2023. Transmission of two genetic groups, G1 and G2, was identified. Genogroup G1 belongs to the genetic lineage MuVi/Sheffield.GBR/1.05, and genogroup G2 to MuVi/Gloucester.GBR/32.96. The circulation area for each genetic group was determined. Conclusions. Despite both genogroups being predominantly represented by viruses isolated in Russia, the lack of significant correlation between distance matrices does not allow for a conclusion about the endemic transmission of genogroups G1 and G2 in the country based on the available molecular data. Within the framework of the National Program "Elimination of Measles and Rubella, Achieving Sustainable Sporadic Incidence of Mumps," the study of circulating mumps virus genotypes is relevant and will be continued. No conflict of interest to declare.