STRUCTURAL FEATURES OF DNA IN TRNA GENES AND THEIR UPSTREAM SEQUENCES СтатьяОрлов Ю.Л., Савина Е.А., Шумилина Т.Г., Пороло В.А., Лебедев Г.С., Анашкина А.А., Ильичева И.А.International Journal of Molecular Sciences. Том 25. 2024. 11758 с.
IN VITRO VS. IN VIVO TRANSCRIPTOMIC APPROACH REVEALED CORE PATHWAYS OF NITROGEN DEFICIENCY RESPONSE IN TEA PLANT (CAMELLIA SINENSIS (L.) KUNTZE) СтатьяОрлов Ю, Самарина Л, Малюкова Л, Ванг С, Бобровских А, Дорошков А, Шхалахова Р, Манахова К, Конинская Н, Мацкив А, Рындин А, Хлесткина ЕInternational Journal of Molecular Sciences. Том 25. 2024. 11726 с.
APPLICATIONS OF ARTIFICIAL INTELLIGENCE, MACHINE LEARNING, AND DEEP LEARNING IN PLANT BREEDING СтатьяEftekhari M., Ma C., Orlov Y.L.Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология: четырнадцатая международная мультиконференция : тезисы докладов. Новосибирск, 05-10 августа 2024 г.. 2024. С. 1136-1137
OVEREXPRESSION OF RPOTMP BEING TARGETED TO EITHER MITOCHONDRIA OR CHLOROPLASTS IN ARABIDOPSIS LEADS TO OVERALL TRANSCRIPTOME CHANGES AND FASTER GROWTH СтатьяОрлов Ю.Л., Горбенко И.В., Тарасенко В.И., Гарник Е.Ю., Яковлева Т.В., Катышев А.И., Белков В.И., Константинов Ю.М., Кулинченко М.В.International Journal of Molecular Sciences. Том 25. 2024. 816 с.
EDITORIAL: APPLICATIONS OF ARTIFICIAL INTELLIGENCE, MACHINE LEARNING, AND DEEP LEARNING IN PLANT BREEDING СтатьяЕфтекхари М., Ма Ч., Орлов Ю.Л.Frontiers in Plant Science. Том 15. 2024. 1420938 с.
SMARTCROP COGNITIVE PLATFORM: MODULES FOR AUTOMATIC KNOWLEDGE EXTRACTION FROM SCIENTIFIC PUBLICATIONS, PATENTS AND FACTUAL DATABASES FOR RECONSTRUCTION AND ANALYSIS OF GENE NETWORKS OF STRESS RESPONSE IN RICE AND WHEAT СтатьяIvanisenko V.A., Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Antropova E.A., Volyanskaya A.R., Zubairova U.S., Makarova A.A., Orlov Y.L., Chen M.Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология: четырнадцатая международная мультиконференция : тезисы докладов. Новосибирск, 05-10 августа 2024 г.. 2024. С. 2188-2190
ЭВОЛЮЦИЯ БЕЛКОВ, ПОХОЖИХ НА АКТИВАТОРЫ ТРАНСКРИПЦИИ (TALES) У ФИТОПАТОГЕННЫХ БАКТЕРИЙ И ДРУГИХ ОРГАНИЗМОВ СтатьяГайсина Э.М., Кырова Е.И., Орлов Ю.Л., Игнатов А.Н.Plamic2024. 2024. С. 114-115
A PRINCIPAL COMPONENTS ANALYSIS AND FUNCTIONAL ANNOTATION OF DIFFERENTIALLY EXPRESSED GENES IN BRAIN REGIONS OF GRAY RATS SELECTED FOR TAME OR AGGRESSIVE BEHAVIOR СтатьяChadaeva I., Kozhemyakina R., Shikhevich S, Bogomolov A., Kondratyuk E., Oshchepkov D., Orlov Y.L., Markel A.L.Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология: четырнадцатая международная мультиконференция : тезисы докладов. Новосибирск, 05-10 августа 2024 г.. 2024. С. 908-910
BGRS: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND DATA INTEGRATION СтатьяOrlov Y.L., Chen Ming, Kolchanov N.A., Hofestädt RalfJournal of Integrative Bioinformatics. Том 20. 2024.
A PRINCIPAL COMPONENTS ANALYSIS AND FUNCTIONAL ANNOTATION OF DIFFERENTIALLY EXPRESSED GENES IN BRAIN REGIONS OF GRAY RATS SELECTED FOR TAME OR AGGRESSIVE BEHAVIOR СтатьяЧадаева Ирина, Кожемякина Римма, Шихевич Светлана, Богомолов Антон, Кондратюк Екатерина, Ощепков Дмитрий, Орлов Юрий Л., Маркель Аркадий Л.International Journal of Molecular Sciences. Том 25. 2024. 4613 с.
COMPUTER RECONSTRUCTION OF NETWORKS OF PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS: EDUCATIONAL AND RESEARCH ASPECTS СтатьяOrlov Y.L., Turkina V.A., Orlova N.G., Anashkina A.A., Savina E.A.Biophysical Reviews. Том 15. 2023. 1839 с.
РЕКОНСТРУКЦИЯ И АНАЛИЗ РЕГУЛЯТОРНОЙ ГЕННОЙ СЕТИ ФУНКЦИОНИРОВАНИЯ КЛЕТОЧНОЙ СТЕНКИ ЛИСТЬЕВ ARABIDOPSIS THALIANA L. ПРИ ОТВЕТЕ НА ВОДНЫЙ ДЕФИЦИТ СтатьяVolyanskaya A.R., Antropova E.A., Zubairova U.S., Demenkov P.S., Venzel A.S., Orlov Y.L., Makarova A.A., Ivanisenko T.V., Gorshkova T.A., Aglyamova A.R., Kolchanov N.A., Chen M., Ivanisenko V.A.Вавиловский журнал генетики и селекции. Том 27. 2023. С. 1031-1041
ANALYSIS OF FUNCTIONAL SINGLE-NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS (SNPS) AND LEAF QUALITY IN TEA COLLECTION UNDER NITROGEN-DEFICIENT CONDITIONS СтатьяSamarina Lidiia, Fedorina Jaroslava, Kuzmina Daria, Malyukova Lyudmila, Manakhova Karina, Kovalenko Tatyana, Matskiv Alexandra, Xia Enhua, Tong Wei, Zhang Zhaoliang, Ryndin Alexey, Orlov Y.L., Khlestkina E.K.International Journal of Molecular Sciences. Том 24. 2023. 14538 с.
СТАТИСТИЧЕСКИЕ ОЦЕНКИ КЛАСТЕРИЗАЦИИ САЙТОВ СВЯЗЫВАНИЯ ТРАНСКРИПЦИОННЫХ ФАКТОРОВ В ГЕНОМАХ РАСТЕНИЙ СтатьяДергилев А.И., Иванисенко В.А., Орлов Ю.Л., Чен М.СБОРНИК НАУЧНЫХ ТРУДОВ VII СЪЕЗДА БИОФИЗИКОВ РОССИИ. 2023. С. 351-352
SPECIAL ISSUE ON “PLANT BIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY: FOCUS ON GENOMICS AND BIOINFORMATICS 2.0” СтатьяOrlov Y.L., Chen M.International Journal of Molecular Sciences. Том 24. 2023.
BIOINFORMATICS TOOLS FOR THE SEQUENCE COMPLEXITY ESTIMATES СтатьяOrlov Y.L., Orlova N.G.Biophysical Reviews. Том 15. 2023. С. 1367-1378
RESEARCH TOPICS OF THE BIOINFORMATICS OF GENE REGULATION СтатьяOrlov Y.L., Anashkina A.A., Kumeiko V.V., Chen M., Kolchanov N.A.International Journal of Molecular Sciences. Том 24. 2023.
MEDICAL GENETICS, GENOMICS AND BIOINFORMATICS - 2022 СтатьяKlimontov V.V., Koshechkin K.A., Orlova N.G., Sekacheva M.I., Orlov Y.L.International Journal of Molecular Sciences. Том 24. 2023. 8968 с.
КОМПЬЮТЕРНАЯ РЕКОНСТРУКЦИЯ СЕТЕЙ БЕЛОК-БЕЛКОВЫХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ: ОБРАЗОВАТЕЛЬНЫЕ И ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЕ АСПЕКТЫ СтатьяОрлов Ю.Л., Туркина В.А., Орлова Н.Г., Анашкина А.А., Савина Е.А.СБОРНИК НАУЧНЫХ ТРУДОВ VII СЪЕЗДА БИОФИЗИКОВ РОССИИ. 2023. С. 312-313
GLIOBLASTOMA GENE NETWORK RECONSTRUCTION AND ONTOLOGY ANALYSIS СтатьяGubanova N.V., Dergilev A.I., Kononov V.A., Orlova N.G., Orlov Y.L.XXXVIII Symposium of Bioinformatics and Computer-Aided Drug Discovery. 2022. С. 130-130
POPULATION ANALYSIS OF DIOSPYROS LOTUS IN THE NORTHWESTERN CAUCASUS BASED ON LEAF MORPHOLOGY AND MULTILOCUS DNA MARKERS СтатьяSamarina Lidia S., Malyarovskaya Valentina I., Rakhmangulov Ruslan S., Koninskaya Natalia G., Matskiv Alexandra O., Shkhalakhova Ruset M., Orlov Yuriy L., Tsaturyan Gregory A., Shurkina Ekaterina S., Gvasaliya Maya V., Kuleshov Alexandr S., Ryndin Alexey V.International Journal of Molecular Sciences. Том 23. 2022. 2192 с.
EDITORIAL: ASSOCIATION BETWEEN INDIVIDUALS’ GENOMIC ANCESTRY AND VARIATION IN DISEASE SUSCEPTIBILITY СтатьяDas Ranajit, Tatarinova Tatiana V., Galieva Elvira R., Orlov Yuriy L.Frontiers in Genetics. Том 13. 2022.
ОБРАЗОВАТЕЛЬНЫЕ ПРОГРАММЫ БИОИНФОРМАТИКИ И ГЕНОМИКИ НА ОСНОВЕ ОНЛАЙН ИНСТРУМЕНТОВ СтатьяОрлова Н.Г., Орлов Ю.Л.Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и сельскохозяйственной микробиологии. 2022. С. 51-53
PLANT BIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY: FOCUS ON GENOMICS AND BIOINFORMATICS СтатьяOrlov Y.L., Dobrovolskaya O.B., Ivanisenko V.A., Chen M.International Journal of Molecular Sciences. Том 23. 2022.
ANALYSIS OF MULTIPLE TRANSCRIPTION FACTORS BINDING IN THE MODEL PLANT GENOMES СтатьяKononov V.A., Dergilev A.I., Orlova N.G., Orlov Y.L.Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022). 2022. С. 44-45
COMPUTER MODELING OF GLIOBLASTOMA GENE NETWORK AND HUB GENES ANALYSIS СтатьяDergilev A.I., Gubanova N.V., Voropaeva E.N., Mozyleva Y.A., Korobeynikova A.V., Shakirova R.R., Orlova N.G., Orlov Y.L.Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022). 2022. 197 с.
DEVELOPMENT OF BIOMEDICAL EDUCATIONAL PROGRAMS СтатьяOrlov Y.L., Volkov L.A., Simonenko S.Y., Anashkina A.A.XXXVIII Symposium of Bioinformatics and Computer-Aided Drug Discovery. 2022. С. 49-49
MEDICAL GENETICS AND CANCER STUDIES BASED ON NEXT-GEN SEQUENCING PRESENTED AT THE BIOINFORMATICS CONFERENCES AND YOUNG SCIENTISTS SCHOOLS СтатьяChen M., Feng C., Ivanisenko V.A., Klimontov V.V., Korobeynikova A.V., Orlov Y.L.Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022). 2022. 766 с.
CHRONIC DISEASE MARKERS ANALYSIS USING HIGH-THROUGHPUT SEQUENCING APPROACHES СтатьяLi H., Chen W.-L., Sekacheva M.I., Cai G., Orlov Y.L.Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022). 2022. 425 с.
GENE NETWORK RECONSTRUCTION AND FUNCTIONAL ASSOCIATION STUDIES FOR ONCOLOGICAL DISEASES USING ONLINE BIOINFORMATICS TOOLS СтатьяShakirova R.R., Elistratova M.G., Korobeynikova A.V., Mozyleva Y.A., Orlova N.G., Orlov Y.L.Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022). 2022. 232 с.
LYMPHOCYTE MIGRATION FACTORS IN BREAST CANCER: A TRANSCRIPTOME ANALYSIS СтатьяKorobeynikova A.V., Orlov Y.L., Kabieva S.S., Oparina N.Y.Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022). 2022. 79 с.
COMPUTER ANALYSIS OF PLANT STRESS RESPONSE: GENE NETWORKS AND TRANSCRIPTIONAL REGULATION СтатьяKononov V.A., Orlova N.G., Orlov Y.L.Scientific research of the SCO countries: synergy and integration. 2022. С. 143-152
NOTE ON GENOMIC ANCESTRY AND VARIATION IN DISEASE SUSCEPTIBILITY СтатьяDas R., Elistratova M.G., Orlov Y.L.Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022). 2022. 773 с.
GENE NETWORK ANALYSIS FOR COMPLEX DISEASE USING ONLINE BIOINFORMATICS TOOLS СтатьяShakirova R.R., Orlova N.G., Elistratova M.G., Korobeynikova A.V., Mozyleva Y.A., Orlov Y.L.XXXVIII Symposium of Bioinformatics and Computer-Aided Drug Discovery. 2022. С. 50-50
DIGITAL MEDICINE EDUCATION PROBLEMS AND ONLINE SOLUTIONS СтатьяOrlov Y.L., Orlova N.G.Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022). 2022. 823 с.
EDITORIAL: HIGH-THROUGHPUT SEQUENCING-BASED INVESTIGATION OF CHRONIC DISEASE MARKERS AND MECHANISMS СтатьяOrlov Y.L., Chen W.-L., Sekacheva M.I., Cai G., Li H.Frontiers in Genetics. Том 13. 2022.
КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ ТРАНСКРИПЦИИ У РАСТЕНИЙ И РЕКОНСТРУКЦИЯ РЕГУЛЯТОРНЫХ ГЕННЫХ СЕТЕЙ НА ОСНОВЕ ДАННЫХ ТЕХНОЛОГИЙ СЕКВЕНИРОВАНИЯ СтатьяОрлов Ю.Л., Орлова Н.Г., Кононов В.А.Инновационные процессы в сельском хозяйстве. 2022. С. 141-144
PROBLEMS OF DEVELOPING ONLINE TRAINING COURSES FOR STUDENTS IN DIGITAL DISCIPLINES USING BIOINFORMATICS AS AN EXAMPLE СтатьяOrlova N.G., Orlov Y.L.Scientific research of the SCO countries: synergy and integration. 2022. С. 58-65
COMPUTER ANALYSIS OF GENES ASSOCIATED WITH KAPOSI'S SARCOMA СтатьяElistratova M.G., Shakirova R.R., Orlov Y.L.Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022). 2022. 199 с.
HOLISTIC APPROACH FOR ARTIFICIAL INTELLIGENCE IMPLEMENTATION IN PHARMACEUTICAL PRODUCTS LIFECYCLE: A META-ANALYSIS СтатьяKoshechkin K.A., Lebedev G.S., Fartushnyi E.N., Orlov Y.L.Applied Sciences (Switzerland). Том 12. 2022. 8373 с.
СТАТИСТИЧЕСКИЕ ОЦЕНКИ ТРАНСКРИПЦИОННОЙ РЕГУЛЯЦИИ В ГЕНОМАХ РАСТЕНИЙ СтатьяОрлова Н.Г., Кононов В.А., Орлов Ю.Л.ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ В МЕЖДИСЦИПЛИНАРНЫХ ЭКОЛОГИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЯХ. 2021. С. 342-343
BIOINFORMATICS APPLICATIONS TO REVEAL MOLECULAR MECHANISMS OF GENE EXPRESSION REGULATION IN MODEL ORGANISMS СтатьяOrlov Y.L., Tatarinova T.V., Anashkina A.A.International Journal of Molecular Sciences. Том 22. 2021.
PROTEIN STRUCTURE AND FUNCTION ANALYSIS FOR PLANT STRESS TOLERANCE ON BTB/POZ GENES СтатьяAnashkina A.A., Luzin A.N., Kulikova D.K., Dergilev A.I., Orlov Y.L.Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology. 2021. 24 с.
EDITORIAL: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION, VOLUME II СтатьяOrlov Y.L., Anashkina A.A., Tatarinova T.V., Baranova A.V.Frontiers in Genetics. Том 12. 2021. 795257 с.
PLANT VIRUS GENOME STUDIES USING NOVEL DATABASES AND BIOINFORMATICS TOOLS FOR TEXT COMPRESSION AND ENTROPY СтатьяIgnatov A.N., Orlov Y.L., Luzin A.N., Pakina E.N., Dobrovolskaya O.B.Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology. 2021. 96 с.
ENTROPY ANALYSIS OF PROTEIN SEQUENCES REVEALS A HIERARCHICAL ORGANIZATION СтатьяAnashkina Anastasia A., Petrushanko Irina Yu., Ziganshin Rustam H., Orlov Yuriy L., Nekrasov Alexei N.Entropy. Том 23. 2021. 1647 с.
LIFE: COMPUTATIONAL GENOMICS APPLICATIONS IN LIFE SCIENCES СтатьяOrlov Y.L., Anashkina A.A.Life. Том 11. 2021.
BIODISTRIBUTION OF10 B IN GLIOMA ORTHOTOPIC XENOGRAFT MOUSE MODEL AFTER INJECTION OF L-PARA-BORONOPHENYLALANINE AND SODIUM BOROCAPTATE СтатьяGubanova N.V., Tsygankova A.R., Zavjalov E.L., Romashchenko A.V., Orlov Y.L.Biomedicines. Том 9. 2021.
STATISTICAL ESTIMATES OF THE TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES CLUSTER IN ARABIDOPSIS AND DISTANT PLANT SPECIES GENOMES СтатьяOrlov Y.L., Dergilev A.I., Dobrovolskaya O.B.Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology. 2021. 165 с.
NOVEL CHIP-SEQ SIMULATING PROGRAM WITH SUPERIOR VERSATILITY: ISCHIP СтатьяSubkhankulova T., Naumenko F., Tolmachov O.E., Orlov Y.L.Briefings in Bioinformatics. Том 22. 2021.